第1話 テスラの手紙

信頼していたジョーンズに裏切られ死んだとされたXIII は、潜伏生活をしていた。だが女性革命家ベティと出会い、反グローバリゼーションの革命集団ベールと関わる。一方、ホワイトハウスでは大統領選が近づき、キャリントン大統領の劣勢が報じられていた。対立候補はハープ計画を推進しているトレーモアで、巨大企業シネクアノン社の代表であるエイモスが支援をしている。

第2話 もう１人の“13”

シネクアノン社の爆破事件では、エイモスの妻子を含めた罪のない犠牲者が多数出た。当局やメディアは革命集団ベールとXIIIに責任を負わせ、彼らをテロリストと報道した。即座にエイモスは復讐を誓い、キャリントン大統領は国務長官となったジョーンズにXIII 暗殺指令を下す。ジョーンズと密会するXIII の前に、自分とまったく同じ顔の男が現れて…

第3話 忘れられた研究家

革命集団ベールが、政府とエイモスから追跡されているXIIIを助け出す。そんな中、大統領選はトレーモアの圧勝で幕を閉じた。ある日、シネクアノン社に勤めるベティの弟が、不思議な手紙をベティに託したのち殺害される。この手紙をめぐり、巨大な影が動き始めたことを察知したXIII。追跡をかわしながら、手紙の手掛かりを求め、ある研究所に向かう。

第4話 不自然な嵐

手紙の謎を解くため、船でアリエラ島に向かったXIII は、激しい嵐に遭遇し難破する。漁師を装って上陸した彼は、偶然にも手紙の重要な情報を持つウエストランド博士に助けられた。島全体を監視しているシネクアノン社の目を盗み、博士とその娘ゲールはXIII を自宅に匿う。またホワイトハウスでは、大統領選に惨敗したキャリントン大統領が職を退くことを拒んでいた。

第5話 対決

XIIIを捕えたエイモスは、シネクアノン社爆破事件の真実を暴くため、精神的・肉体的な苦痛を彼に与える。ステージが上がるほど危険度が増す拷問は、XIII の脳波が極限を超えるまで続けられた。その間に彼の脳裏には、象徴的な文字が何度も浮かび上がるのだった。だが、一貫して無実を主張するXIII をみて、エイモスもシュウ社に騙されていたと気づき…

第6話 ロシアの武器商人

XIII は手紙を見つけるため、ロシアの大富豪であるカリスカノフ邸の誕生パーティーに潜り込む。カリスカノフは希少な武器や骨とう品の収集家で、彼のコレクションの中にはテスラの手紙があり、明日にでもシュウ社に売る予定だという。XIII は自分以外にも手紙を狙う者がパーティーに参加していることを知る。その中にはベティや、偽XIII の姿もあった。

第7話 ハープの脅威

手紙が入手できないままハープ計画は完成に近づき、次期大統領のトレーモアとエイモスは計画の実行を許可する。だがこの実験により、カリフォルニア全土では大地震が起こり、甚大な被害が発生。この件でキャリントン大統領は、ハープ計画推進者であるトレーモアの失脚を画策する。そんな時、ベティの身体には変化が起き、XIII は偽XIII を追っていた。

第8話 つくられた幻

XIII は身元を隠して中国行きの船に乗り込み、船内のどこかに隠されている最後の手紙を捜し回っていた。一方、ベティは拉致され父のいるロンドンで目覚める。ベティの父は、XIII やベールのことは麻薬中毒による幻覚だと彼女に説明。だが、彼女はテスラの手紙が３通とも自宅にあることを見つける。その夜、ベティの父を中心とした謎の集会が開かれ…

第9話 勝者の戦利品

XIII は、ヴィクターを偽XIII に仕立てた張本人であるシュウ社のポン氏に引き渡される。XIIIをヴィクターだと思い込んでいるポン氏は、最高機密事項を話し始めた。またニュースは、カリフォルニアで発生した異常気象の原因をキャリントン大統領の実験によるものと報道。大統領は特別条例を発令し、ポン氏と繋がっているトレーモアへの政権委譲を止めた。

第10話  それぞれの目覚め

XIII は偽XIIIのヴィクターと、徐々にシンクロが深くなり思考にも混乱をきたしていた。ヴィクターは自分の顔に手術を施した医師を殺害し、XIII に罪を被せてしまう。ベティは世界を支配している父への復讐を企て、彼の中国での取り組みを妨害しようと奔走していた。XIII、ヴィクター、ベティ、エイモス、全員が最終決戦地、上海で出会う。

第11話  脱出へのデスマッチ

捕まったXIII は、要塞のような地下収容所に投げ込まれる。そこでは老若男女関係なく、日々、囚人同士のデスマッチ（死合）が行われ、オンラインでライブ中継されていた。ヴィクターと手を組んだベティはシュウ社の買収を図るも、ヴィクターの裏切りに合い、XIII のいる収容所に収監されてしまう。XIII は囚人たちをまとめ、脱出を図ろうとする。

第12話  暴徒の街

収容所からの脱出に成功したXIII、ベティ、そしてエイモス。中国軍が上海を封鎖している中、吸うと誰もが凶暴化する粉をヴィクターは空から散布した。中国人親子に助けられながら、アメリカ政府の救出地点に急ぐXIII たちに、暴徒化した市民が襲いかかる。また、キャリントン大統領はトレーモアの軍勢に押され、ホワイトハウスの地下室に潜むのだが…

第13話 最後の砦／最終話

偽XIII ことヴィクターは、あらゆる自然災害がもたらす破壊的兵器、ハープの照準をアメリカに合わせる。阻止できなければ、世界は核戦争へ突入してしまう。ハープを破壊すべく、ヴィクターに立ち向かうXIII。だが、勝利し生き残るのはどちらか一人だ。そして、追い詰められたキャリントン大統領は、ホワイトハウスの地下室で最後の決断を下した。