第1話 1492年

1492年、ローマ。ボルジア家当主でカトリック法王（教皇）庁枢機卿のロドリーゴは、後継者の長男が殺されたという知らせを受ける。一族の将来を案じた彼は、元愛人ヴァノッツァとの間の息子ホアンとチェーザレに、宿敵オルシーニ家とコロンナ家を懐柔するよう指示するが・・・。

第2話 5つの死

ローマに蔓延している熱病に冒された法王（教皇）。枢機卿たちは最悪の事態に備え、法王選挙（コンクラーヴェ）の準備を始める。それは同時に、他家との熾烈な権力闘争の再開を意味するのだった。そんな中チェーザレは、懐柔するはずだった宿敵コロンナ家と争いを起こしてしまう。

第3話 神との契約

世界の調停役として権力を放つバチカンに、法王（教皇）交代の時が近づいていた。法王選挙（コンクラーヴェ）のため、ロドリーゴは身辺整理を始める。病床のルクレツィアは修道院へ、愛人ジュリアは夫の元へと送られた。チェーザレはピサの神学校へと戻るが、愛人の妊娠が気がかりで…。

第4話 新教皇誕生

法王選挙（コンクラーヴェ）は長期化の様相を呈し、枢機卿たちに疲労の色が見え始めていた。次期法王（教皇）になるための投票で、未だ劣勢のロドリーゴも焦りを募らせていた。そこで彼は票を集めるために、ある策略を巡らすのだった。一方、修道院にいるルクレツィアの病状はさらに悪化し…。

第5話 婚姻の絆

非道な策略により見事法王選挙（コンクラーヴェ）で法王（教皇）に選出されたロドリーゴは、カトリック教会の再建と改革を掲げ強硬手段に出る。ホアンが出世し、ルクレツィアに結婚話が持ち上がる中、父ロドリーゴに最も尽くしていることを自負するチェーザレは、焦りを募らせていた…。

第6話 正統な血

法王（教皇）となり一族安泰のために策略を練るロドリーゴ。宿敵ローヴェレ枢機卿の陰謀を察知した彼は、諸国との絆を深めるためにホアンをスペイン王室と、ホフレをナポリ王室と婚姻させる。しかし、見せかけの結婚を強いられたルクレツィアは、ロドリーゴに反感を抱くようになっていた。

第7話 策略

諸国との関係を安定させ勢力圏の拡大を謀るロドリーゴ。彼はローマを離れた宿敵ローヴェレがフランスに渡ると考え、ホアンに軍を率いてオスティアの要塞を攻めるよう命令する。一方、ロドリーゴに政略結婚を強いられてきたルクレツィアは、念願だった真の結婚を許されるのだが…。

第8話 終末への序幕

法王（教皇）庁の華やかさとは裏腹にローマの情勢は惨憺たるものになっていた。フランスのシャルル8世の大軍がイタリアの目前へと迫り、有力者は次々とフランス側の味方につくことに…。窮地に立たされたロドリーゴはシャルル8世のローマ入りに備え、ホアンに命令し兵を揃えさせるが…。

第9話 ローマ侵略

フランス軍によるローマの陥落は時間の問題だった。そんな中、愛人ジュリアが子供を出産しロドリーゴは歓喜する。一方、取引により宿敵マルコアントニオ・コロンナに囚われたチェーザレは地獄のような日々を送っていた。無事に帰還した彼にロドリーゴは、ある重要な任務を告げる。

第10話  奇跡

駆け引きの末、ローマを撤退したフランスのシャルル8世は、事実上の捕虜としたチェーザレとジェームを連れてナポリに向かった。しかしその道中、チェーザレは野営テントを爆発させ逃亡する。その頃ローマでは、ホアンの妻マリアが夫の浮気と暴力により追いつめられていた…。

第11話  神の怪物

スペインの支援により敗北したフランス軍がナポリから撤退。ロドリーゴは空位となったナポリ王にホアンを推すが、枢機卿たちに反発される。そんな中、信仰があっても報われないチェーザレはホアンから衝撃の告白を聞き、修道院に身を寄せていたルクレツィアは神の奇跡を目撃する。

第12話  毒蛇の台頭

ナポリ王女と結婚し王子となったホフレが妻と共にロドリーゴを訪問し、久々に兄弟全員が顔を合わせる。新しい恋に浮かれるルクレツィア、女癖の治らないホアン、頭角を現したチェーザレ、そして野望に執り憑かれ、一族を守り抜いた長ロドリーゴ。ボルジア家の運命はいかに…。